Biskupi, którzy mieszkali tuż obok zwykłych mieszczan i widzieli, jak ci niegdyś poddani stają się zuchwali, często mieli zarówno materialne, jak i ideologiczne powody, by zgłaszać swój sprzeciw. Przykładowo w Reims francuski król uznał legalność komuny utworzonej przez mieszczan zamieszkujących obszar dawnego rzymskiego cité. Ludzie mieszkający poza dawnym centrum, na ziemiach biskupich, również postanowili się przyłączyć. Tymczasem hierarcha kościelny intensywnie zaprotestował, ponieważ chciał nadal pobierać swoje feudalne należności. Ostatecznie musiał ustąpić w zamian za coroczną opłatę uiszczaną przez „jego” mieszczan. Co ciekawe biskupi i opaci nie mieli większych skrupułów niż świeccy panowie w kwestii użycia lochów czy koła tortur w trakcie sporów ze swoimi poddanymi i zazwyczaj mogli jeszcze liczyć na poparcie papieża. Znana jest sytuacja, w której Innocenty II nakazał w ostrych słowach królowi Francji, by ten położył kres „nieczystemu stowarzyszeniu ludu z Reims, które zwą oni komuną”. Z kolei Innocenty III ekskomunikował mieszczan z Saint-Omer za konflikt z miejscowym opactwem.